Непрерывные войны с Византией и Сербией ослабили политическую и военную мощь второго болгарского царства, единение которого в действительности стало фиктивным. В конце своего существования независимые владельцы управляли отдельными его областями: в Северо-восточной Болгарии, в Вощине, в Родопах. Эта разрозненность государства помогла туркам, проникшим на Балканы в начале 14 века, овладеть всеми территориями страны. После осады города Тырново (столицы Болгарии) пал в 1393 году, Царь Иван Шишман был схвачен в Филиппополе (совр. Пловдив) и там в 1395 казнен. В 1394 турки оккупировали северо-восточную часть Болгарии, а в 1396 - Видинское царство. Так завершилась 210-летняя история Второго Болгарского царства. Многие болгары бежали в русские княжества, Румынию и Сербию. Некоторые из них, например Константин Философ (Константин Костенечский) и Григорий Цамблак в Сербии, стали известными просветителями. С этого момента в течение почти пяти столетий Болгария превратилась в провинцию Османской империи.

Турецкое иго ( 1396 - 1878 гг.) является самым мрачным периодом в болгарской истории. Политическое порабощение сочеталось с религиозным нажимом: была уничтожена болгарская патриархия, оставшиеся церкви были вынуждены подчинятся греческому верховенству, разрушены были монастыри и культурные памятники. Греческие священники заняли все высшие церковные посты и стали осуществлять программу эллинизации болгар. Болгарское духовенство лишалось приходов, службы стали проводиться по канонам греческой церкви; монастыри и школы превратились в центры греческого просвещения; были разграблены библиотеки, в которых хранились болгарские книги, в том числе библиотека Тырновского патриархата и собора; запрещалось использовать кириллицу и болгарский язык. Вместо него официально вводился греческий язык. Только монахи Афонского (Атонского) монастыря вели богослужения на болгарском языке.

Вытесненные со стратегических центров и плодородных равнин, болгары ушли в горы. Немалая часть их была вынуждена принять ислам. А те, которые отстаивали свою христианскую религию, были подвергнуты жестокой эксплуатации в виде тяжелых налогов, разных повинностей. "Рая" ( так называли турки порабощенных христиан) вынуждены были платить и так называемый "кровный налог", т.е. отдавать маленьких мальчиков для обучения в турецкие казармы. После принятия ислама, они превращались в янычар, которые становились отборной частью турецкой армии.

Болгарское население неоднократно пыталось освободиться от османского гнета. Восстания вспыхивали в 1402 - 1403 гг., в 1598 г. и в 1686 г. в Тырново, в 1688 г. в Чипровцах и т.д. С начала 17 века стало популярным так называемое хайдушское движение (в виде своеобразных партизанских отрядов).

В 18 веке начался период национального возрождения. С 1735 года нашли распространение школы вне монастырей, где обучение шло на болгарском языке. Паисий Хилендарский, монах Атонского монастыря, написал я "Историю славяно-болгарскую" (1762 г.). Во многих городах и крупных селах появились "читалища" - дома, в которых можно было читать книги, проводить вечера национальных традиций, ставить пьесы. Читалища превратились в центры развития национального самосознания и распространения вновь создаваемых культурных народных ценностей. Во время русско-турецкой войны 1828 зародилось болгарское национально-освободительное движение. Несмотря на то, что народные восстания беспощадно подавлялись, по всей стране действовали отряды партизан (гайдуков), которые мстили туркам. Во главе движения стояли деятели церкви и образованные люди при поддержке зажиточных крестьян (чорбаджиев), торговцев и ремесленников (эснафи). Существенную помощь из-за границы оказывали болгарские эмигранты, жившие в России и западных странах. Турецкие власти были вынуждены разрешить открытие болгарских школ (1835); число начальных школ к 1845 достигло 21 (2 в городах и 19 в селах). Наконец и болгарская церковь добилась независимости от греческой патриархии в Константинополе. Султанский ферман (указ) 1870 года юридически постановил эту независимость и фактически признал самобытность болгарской нации.

Болгарский экзархат, объявленный греческим патриархом раскольническим (1872), распространил свое влияние не только на территорию собственно Болгарии, но и на большую часть Македонии. Границы экзархата послужили основой для определения границ Болгарии после ее освобождения от турецкого ига.

В 1869 был создан Болгарский революционный центральный комитет в эмиграции, влияние которого вскоре распространилось по всей стране.